يُعتبر دير سيدة رأس بعلبك من أقدم أديار لبنان. كان معبدا وثنيا قديما، له قيمة تاريخية وإيمانية، مع ما رافقه عبر العصور من اضطهادات، وثبات في الإيمان منقطع النظير.

لقد ارتبط اسم رأس بعلبك تاريخياً باسم دير سيدة رأس بعلبك العجائبية التي تتولاها الرهبنة الباسيلية الحلبية منذ عام 1722. الكنيسة مبنية على الطراز البيزنطي، رُمّمت مرات عدة بعد الزلازل التي ضربت المنطقة. والأيقونات والأقواس والشعارات البيزنطية ما زالت حتى اليوم موجودة في متحف الدير.

 فوق باب المدخل، بلاطة منقوش عليها الصليب الروماني الامبراطوري. ويعود ذلك إلى حوالي عام 395 م حين أصبحت المسيحية مع الامبراطور سودوسيوس الديانة الرسمية الوحيدة.

فالكنيسة القديمة تعود إلى القرن الرابع للميلاد، إذ إن هناك حجارة من أساس المعبد القديم في جدران الكنيسة القائمة إلى الآن تدل على قدم الدير. وعند حفر أساسات الكنيسة الجديدة سنة 1943م عُثر على مسكوكات برونزية يعود تاريخ بعضها إلى القرن الثاني للميلاد. وأما التصميم العام للكنائس في ذلك الوقت، فيتميّز بحنية في صدرها مع مذبح من حجر واحد، وإلى جانبيه صفان من الأعمدة على الشكل الكورنثي.

أما مداخل الأديار القديمة، فكانت تعتيباتها قريبة من الأرض، لا تعلو أكثر من 160 سم، لضرورات دفاعية. فالأبواب صغيرة ومصفحة بالحديد والمسامير الضخمة ولا تزال موجودة في سور الدير.

ومن الدلائل الأخرى الكثيرة على قدم الدير تيجان أعمدة الكنيسة القديمة البيزنطية الكورنثية الشكل.

تحتوي الكنيسة على أيقونة شهيرة من القرن الثاني، محروق جزء منها وموجودة حتى يومنا هذا. تقول الرواية أن الكنيسة احترقت ولكن حدثت أعجوبة داخلها حيث حضرت السيدة العذراء على الأسقف الموجود داخل الكنيسة وأيقظته من نومه وأخبرته أن الكنيسة تحترق. فوجد أن الأيقونة قد احترق نصفها.

يحوي الدير لوحة تُعتبر من إنجازات الكهنة الذين عاشوا داخله وتدور حول الأقمار والأزمنة (الساعة الشمسية).

-