بُني المزار على تلّة قديمة حجارتها تعود إلى هيكل وثني. استُخرجت حجارة المزار المسمّاة "الغشيم" من المقلع الذي يبعد أمتاراً قليلة عنه، وهي حجارة غير مصقولة عمرها أكثر من 2000 سنة ق.م. مما يؤكّد أن المعبد كان تابعاً للوثنية.

يعود هذا المزار الى أوائل القرن الرابع ميلادي وكان برجاً للمراقبة في العهد البيزنطي قبل أن يصبح كنيسة بكامل المواصفات المعمارية  للكنائس الشرقية الأرثوذكسية. وحفاظاً على استمرارية الحياة الروحية في هذه التلة، سكنها أحد الرهبان الذي أعطاها تسمية مار توما تشفعاً لهذا القديس. ويُقال أيضاً إن المزار سُمّي نسبةً إلى القديس توما، الذي كان واحداً من الرسل الإثني عشر، لأنه مرّ بمدينة "كونا" في طريقه الى اليونان. يُحتفل بعيد القديس في 6 تشرين الأول من كل عام.

وأمام المزار كان يوجد بئر من الطين المالس بعمق 30 متراً وفي أسفله طاقة. ولكن فيما بعد، لم يعد للبئر وجود خوفاً من أن يقع أحد فيه.

في هذا الموقع، كان الأطفال فيما مضى يجمعون الأصداف المتحجّرة، وهذا دليل على أن المنطقة كانت مغمورة بالمياه منذ أكثر من 200 ألف سنة.

-